1、使用程序对五种癌症的数据集进行分类，每种癌症都有两类：实体组织正常和原发性肿瘤。使用一个函数完成数据预处理，包括聚集、清洗、标准化，结果存储在.tsv文件中。画出五个数据集的数据矩阵图，用于展示数据集中多个变量之间的关系。选取10个RNA维度绘制直方图和盒状图进行跨数据集比较。
2、最后，免疫细胞通讯网络分析揭示了不同亚型中细胞间的通讯模式，如CD8+ T细胞在CC4亚型中活跃，这些发现对免疫治疗策略具有指导意义。总结来说，通过TCGA数据的深度挖掘，伯豪团队为我们揭示了肺癌免疫浸润的复杂性，并为个体化治疗提供了科学依据。
3、肿瘤的异质性导致其在个体间免疫活性各异，而相似免疫活性的样本通常处于同一免疫微环境。通过转录组数据揭示免疫活性状况是关键。伯豪生物的生信团队以TCGA肺癌数据为例，进行了深入探讨。首先，他们根据5个免疫基因集对样本进行免疫亚型划分，分为4类，每类代表不同免疫微环境。
4、**TCGA官网数据下载**：访问TCGA官网，可能需要一段时间等待下载完成。 **解压文件**：完成下载后，进行解压操作。 **使用R语言整理数据**：加载所需包，读取samplesheet文件和转录组数据，通过循环处理数据，建立重复基因取最大值的函数。
早期的肺癌CT报告主要是显示肺部的占位性病变，病变特点表现为边缘不规则、形态有凹陷、短的毛刺或者是有胸膜牵拉征，如果合并有肺门淋巴结转移可以使肺门淋巴结肿大，当然不会出现纵隔淋巴结肿大以及胸腔积液的情况，这种情况下才属于早期的肺癌。
肺癌的CT表现主要分为两大部分：癌症本身的表现。癌症相关的表现。在CT片子上肺癌的典型表现为肺野中可见一个形状不规则的肿块，位于整个肺野的外侧者称为周围性肺癌，位于肺野内侧，靠近支气管者称为中央型肺癌。癌肿可有分叶，甚至边缘带有毛刺，增强扫描后可见癌肿不均匀强化。
肺癌在CT上的表现。如果是早期的肺癌，可能是在体检的时候发现肺部有小的磨玻璃样的结节，或者是亚实性的结节。如果是相对比较大的肿块，比如超过三厘米的，就称为肺部的肿块。
就在今日，数度智慧医疗影像中心针对肺癌CT影像片做了一项专业的数据标注测试。标注内容为肺腺癌、肺鳞癌、大细胞癌和小细胞肺癌。肺癌是发病率和死亡率增长最快，对人群健康和生命威胁最大的恶性肿瘤之一。
骨转移：相应部位CT会报告有局部骨质改变；脑转移：脑部CT报告会出现局部密度减低，强化CT可看到强化肿瘤；肝、肾上腺转移：需应用强化CT检查，会发现转移灶显示部分强化，还可发现转移灶部位、数量等；肺内转移：可通过CT观察转移灶数量、部位，且往往在CT肺窗上观察转移灶。
好发于女性患者，临床表现为咳嗽且咳大量黏痰或浆液痰。肺癌除肿块表现外，还有其他改变，如早期出现呈毛玻璃样的小结节，此时不易鉴别，可能在 CT上看得较清楚，而胸片难以鉴别出，主要对较大肿块，特别是2cm以上的诊断价值更大。因此，若在胸片上发现可疑小结节，需进行CT检查来排除早期肺癌。
